Génomique environnementale
et valorisation des micro-organismes :
Les approches récentes et haut débit d'analyse de la diversité spécifique et fonctionnelle des microorganismes de l'environnement sont au coeur de nombreux enjeux de recherches fondamentales et appliquées. Dans cette unité d'enseignement, nous proposons de passer en revue ces outils, leurs méthodes d'applications, et leurs intérêts pour comprendre la place des microorganismes dans leur environnement : pyroséquençage, métagénomique, approches bioinformatiques et phylogénétiques pour l'analyse de ces importants jeux de données. Dans une deuxième étape, nous proposons d'examiner les perspectives d'applications biotechnologiques de ces outils: identification de nouveaux composés et de nouvelles voies métaboliques d'intérêt, possibilités et enjeux de leur valorisation industrielle dans de nombreux domaines: cosmétique, biofuels, médicaments, production d'énergie,...
La version en ligne de ce module présente actuellement une partie des enseignements dispensés en présentiel :
-Démonstration: modalités de prélèvement en mer de microorganismes par l'utilisation de bouteilles Niskin.
-Cours: démonstration du principe de la PCR quantitative appliqué à la quantification des gènes de microorganismes dans l'environnement
-Cours: traitement des signaux de PCR quantitative pour la quantification des gènes de microorganismes dans l'environnement
-TP: le TP PCR quantitative réalisé en présentiel est aussi intégralement numérisé, et peut être ainsi reproduit virtuellement.
